Desa Madusari sebelumnya merupakan salah satu bagian dari Desa Madura yang otonom setelah  pemekaran desa sekitar tahun 1993, bersama empat desa lainnya di kecamatan Wanareja Kab. Cilacap, Jawa Tengah.

Madusari merupakan gabungan 4 dusun yaitu Dusun cimalati, Ciupas, Banjarwaru dan Cipicung. Nama Madusari sendiri konon tidak punya arti atau legenda tertentu dan ada rumor hanya kependekan dari antara Madura dgn Tambaksari. Kalau dari sisi kata berarti Sarinya madu, mudah-mudahan nama Madusari akan menjadi intisari dari madu.

Selama transisi sebelum pada Pilkades pertama tahun 1996 lalu, pemerintah desa dipimpin PLH Kades Dartono Sumantri yang saat itu masih aktif sebagai anggota Polri di Polsek Wanareja. Pria asli Dusun Cipicung ini kemudian bertarung dalam Pilkades pertama Madusari tahun 1995 dengan pesaing Anto Hidayat, SPd, MMPd asal dusun Cimalati, Dartono menang dan bertugas sejak 1995-2003 selama 8 tahun.

Kemudian Pilkades tahun 2003 diikuti 3 kandidat yaitu Nurhayati (Cipicung), Wardoyo (Ciupas) dan Cineur (Ciupas) pilkades dimenangkan oleh Nuhayati yg bertugas hingga 2008 (5 tahun), dan pada tahun 2008 pilkades digelar lagi diikuti oleh mantan kades Dartono Sumantri dan mantan Kadus ciupas Hari Badi, Pilkades dimenangkan oleh Dartono Sumantri yang bertugas hingga Maret 2013.

Kemudian pada Pilkades 2013 yang digelar 20 Februari 2013 lalu diikuti oleh 4 calon, Yoes Sachri, SH (Cimalati), Hari Badi (Ciupas), Sartoyo (Cimalati) dan Ondo Sukanda (Banjarwaru). Pilkades dimenangkan Yoes sachri, SH tanda gambar jeruk. Pelantikannya dilakukan pada tanggal 15 April 2013 oleh Bupati Cilacap, Tatto Suwarto Pamuji di Pendopo Kecamatan Cimanggu.

Data Kepala Desa Madusari dari masa ke masa

Periode Jabatan Nama Foto
1993-1995 Pelaksana Tugas Kepala Desa Dartono Sumantri dartono sumantri caleg cilacap dapil 6 2014
1995-2003 Kepala Desa Dartono Sumantri dartono sumantri caleg cilacap dapil 6 2014
2003-2008 Kepala Desa Nurhayati Belum ada foto
2008-2013 Kepala Desa Dartono Sumantri dartono sumantri caleg cilacap dapil 6 2014
2013-2019 Kepala Desa Yoes Sachri, SH yoes